Nhiều tuyến tàu địa phương phải dừng hoạt động do ảnh hưởng từ dịch Covid-19. Ở phía Nam sẽ dừng hẳn tàu địa phương trên các tuyến Sài Gòn - Phan Thiết, Sài Gòn - Nha Trang, Sài Gòn - Đà Nẵng…
Ở phía Bắc, trên tuyến đường sắt Hà Nội - Hải Phòng chỉ chạy thường xuyên hằng ngày đôi tàu LP5/LP6 so với 2 đôi tàu trước đây. Ngoài ra, dịp cuối tuần chạy thêm đôi tàu LP3/LP8 các ngày thứ 7 và Chủ nhật. Các tàu này không nhận đón trả khách tại các ga Phú Thái, Hải Dương, Cẩm Giàng để đảm bảo phòng dịch Covid-19.
Từ ngày 1/3/2021, tuyến Bắc - Nam cũng bị cắt giảm chuyến, chỉ còn 2 đôi tàu khách Thống nhất chạy suốt và một số mác tàu chạy không thường xuyên.