Cụ thể, VNR hiện nay đang có quá nhiều doanh nghiệp, xí nghiệp nhỏ, hoạt động phân tán dù có chung chức năng. Do đó, UBQLVNN đề xuất hợp nhất hai công ty vận tải đường sắt Hà Nội và Sài Gòn, thống nhất quản lý để tăng năng suất vận tải.
Bên cạnh đó chỉ giữ lại 3/5 xí nghiệp đầu máy nhằm phục vụ cho việc cấp nhiên liệu, sửa chữa nhỏ các đầu máy trong quá trình vận hành. Giảm 2 xí nghiệp đầu máy sẽ giúp VNR giảm được 12 phòng, 107 người lao động, dự kiến giảm chi phí khoảng 63 tỷ đồng.
Ngoài ra, việc gộp các ban quản lý dự án bởi không đảm bảo đủ công việc cho người lao động, sẽ giúp tiết kiệm 5,6 tỷ đồng chi phí sinh hoạt, 8 phòng, 23 lao động gián tiếp