Theo Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an xác định, bị can Nguyễn Minh Khải, Giám đốc Bệnh viện Mắt TPHCM, đại diện chủ đầu tư bị kết luận là chủ mưu, cùng 7 đồng phạm gây thiệt hại cho Quỹ Bảo hiểm y tế và người bệnh hơn 14 tỷ đồng.
Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã khởi tố Nguyễn Minh Khải và Võ Thị Chinh Nga (nguyên Phó Giám đốc, Tổ trưởng Tổ chuyên gia); Phí Duy Tiến (nguyên Phó Giám đốc, Tổ trưởng Tổ thẩm định); Nguyễn Quốc Toản (nguyên Trưởng khoa Phẫu thuật gây mê hồi sức, Chủ tịch Hội đồng đánh giá hàng mẫu); Phan Thị Bích Hạnh (Trưởng phòng Tài chính - Kế toán, thành viên bên mời thầu); Nguyễn Đỗ Nguyên (Trưởng khoa Tổng hợp, Tổ phó Tổ chuyên gia phụ trách chấm kỹ thuật, đồng thời là thành viên Hội đồng Đánh giá hàng mẫu); Lương Ngọc Tuấn (nguyên Phó Trưởng phòng Vật tư thiết bị y tế, thành viên Hội đồng Đánh giá hàng mẫu); Nguyễn Trí Dũng (Phó Giám đốc, nguyên Trưởng Khoa Glaucoma) về tội vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng.
Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã chuyển toàn bộ hồ sơ vụ án đến Viện kiểm sát nhân dân tối cao (Vụ 5), đề nghị truy tố bị can Nguyễn Minh Khải và các đồng phạm.
Quá trình điều tra, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã ủy thác điều tra cho 54 Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương để tổ chức tiếp nhận đơn trình báo, xác minh, ghi lời khai người bị hại.