Dùng người nước ngoài làm viên chức nhà nước
Về mặt phát triển kinh tế, Nguyễn Hoàng không chỉ coi trọng nông nghiệp thuần túy mà ông rất chú ý phát triển thương nghiệp. Đặc biệt là ngoại thương, với trung tâm là thương cảng Hội An, đã làm thay đổi diện mạo kinh tế Đàng Trong vào những thập niên đầu của thế kỷ XVII.
Về mặt hành chính, Nguyễn Hoàng dựa trên một chế độ quân sự với các quan chức được trả lương theo kiểu các nước Đông Nam Á. Tại đây lần đầu tiên một nhà nước quân chủ Đại Việt sử dụng người Nhật và người Hoa làm viên chức nhà nước và dành cho người Tây phương tại triều đình với tư cách là thầy thuốc hay cố vấn khoa học.
Năm Giáp Thìn (1604), Nguyễn Hoàng cho cải đặt và đổi tên các khu vực hành chính hai xứ Thuận Hóa và Quảng Nam. Lấy huyện Điện Bàn, phủ Triệu Phong đặt làm phủ Điện Bàn, quản 5 huyện là Tân Phước, An Nông, Hòa Vang, Diên Khánh, Phú Châu, lệ thuộc vào xứ Quảng Nam.
Đổi phủ Tiên Bình làm phủ Quảng Bình, phủ Tư Ngãi làm phủ Quảng Ngãi, huyện Lệ Giang thuộc phủ Thăng Hoa (nay đổi là Thăng Bình) làm huyện Lễ Dương, huyện Hy Giang làm huyện Duy Xuyên. Bấy giờ xứ Quảng Nam vào đến phủ Hoài Nhơn và biên giới cực Nam là huyện Tuy Viễn (nay là Tuy Phước), bên kia Tuy Viễn là đất của Chiêm Thành.
Trước đó vào năm Nhâm Dần (1602), nước Champa đã sai sứ sang thông hiếu. Nhưng vào đầu năm Tân Hợi (1611), nước Champa lại đem quân sang xâm lấn biên giới.
Nguyễn Hoàng sai chủ sự là Văn Phong đem quân đi đánh, lấy được đất Phú Yên ngày nay, đặt làm một phủ chia làm hai huyện là Đồng Xuân và Tuy Hòa và sai Văn Phong làm chức lưu thủ Phú Yên. Dưới sự trấn thủ của Nguyễn Hoàng, nhân dân hai xứ Triệu Hóa và Quảng Nam yên ổn làm ăn, nhiều năm được mùa to.
Đề cao Phật giáo
Dưới thời cai trị của Nguyễn Hoàng, xứ Thuận Quảng dần dần xa rời các nguyên tắc của Nho giáo để cổ vũ Phật giáo. Trên cơ sở ấy năm Tân Sửu (1601) Nguyễn Hoàng đã cho cất dựng chùa Thiên Mụ trên vùng đất Hà Khê bên bờ sông Hương và viết chữ "Thiên Mụ tự".
Để thu phục nhân tâm, Nguyễn Hoàng còn cho sửa chữa chùa Sùng Hóa ở Phú Vang (Thừa Thiên- Huế). Năm Nhâm Dần (1602) dựng chùa Long Hưng ở Duy Xuyên (Quảng Nam), năm Đinh Mùi (1607) dựng chùa Kính Thiên ở Lệ Thủy (Quảng Bình)...
Như vậy, trong thâm ý của Nguyễn Hoàng đạo Phật có thể làm nơi nương tựa tinh thần trợ nghiệp "lập quốc" của dòng họ Nguyễn. Sau này, các chúa Nguyễn Đàng Trong vẫn tiếp tục đề cao Phật giáo mà Nguyễn Hoàng đã lựa chọn và chính con trai ông chúa Nguyễn Phúc Nguyên (1613- 1634) còn tự xưng là Phật chúa (chúa Sãi).
Có thể nói, với tài năng lớn, với tính năng động và mềm dẻo của mình, Nguyễn Hoàng đã được lịch sử lựa chọn là người đặt cơ sở vững chắc cho sự hình thành và phát triển xứ Đàng Trong ở thế kỷ XVII.